《F县畜禽粪污资源利用整县推进项目设备及工器具购置项目》于2023年3月27日发布了公开招标公告。招标文件获取时间为3月28日至4月4日，开标定于4月17日上午11:00。经过评审，H公司被确定为第一中标候选供应商，评标结果于4月19日发布。然而，X公司和W公司分别于4月17日和4月19日提出质疑，声称招标文件存在歧义。采购代理机构接受了质疑，并在4月23日发布废标公告，理由是招标文件存在歧义和重大缺陷，不符合《关于促进政府采购公平竞争优化营商环境的通知》规定，因此予以废标处理。

H公司对废标结果不满，提出质疑并向财政部门投诉。投诉内容包括质疑期限已过，采购代理机构废标行为非法等。财政部门受理后认为，招标文件确实存在歧义和重大缺陷，影响采购公正性，根据相关法规，判定投诉事项不成立。H公司不满投诉决定，向法院提起诉讼，部分诉讼请求得到法院支持。

问题一：超过时效的质疑处理

根据《政府采购法》第五十二条，供应商有权在七个工作日内提出质疑。《政府采购质疑和投诉办法》进一步明确了质疑时效。超过法定质疑期限的质疑函，采购人或代理机构有权拒收，对于通过交易平台、电子邮件或邮寄方式进行质疑的情形，应当收到后告知不予受理。

问题二：超过质疑时效的“问题”采购文件处理

即使供应商发现问题时已超过质疑有效期，仍可通过社会监督方式向采购人、监督部门反映问题。财政部门的监督是全方位的，对于采购人、采购代理机构的违法行为，包括采购文件形式体现的不合理条件，均可作出相应处理决定。

问题三：中标结果公告后是否可以发布废标公告？

根据财政部《政府采购公告和公示信息格式规范（2020年版）》，标准格式称为“终止公告”，并须填写终止原因。中标公告发布后再出现废标的情形，相适应只可能是《政府采购法》第三十六条所规定的废标情形。在中标公告发布后，采购人或代理机构作出废标行为或发布废标公告，必须跟法定情形相适应。

综上所述，案例中采购文件有违法情形自然是可以终止（重新组织采购），但不应当是采购人或采购代理机构受理超过法定时效的质疑后，根据财政部门的意思发出废标公告。正确的做法应是：采购代理机构不接受超过时效的质疑——供应商向财政部门提出举报——财政部门进行调查——认定采购文件违法——作出责令重新开展采购活动处理意见。