中央财政预算管理一体化的实施理念是运用现代化手段，统筹预算管理改革，将原有预算编制系统、政府采购计划管理系统、资产管理系统等系统功能进行整合，形成一套现代化治理体系。中央财政预算管理一体化在各高校的实施过程中，暴露出政府采购工作现代化治理体系中存在的一系列问题。以北京交通大学为例，预算、采购、资产等系统之间数据通道未全部打通，各系统间项目关联性、粘合度不够，导致项目预算的约束力不足，预算数据、执行数据、资产数据之间存在一定差异，现代化数据治理体系不完善；预算填报时，财务部门、采购部门、资产部门等部门之间工作界限模糊，尤其是财务与采购部门对于政府采购预算认知有偏差。由于该上报内容既涉及财务相关的经济分类支出，又涉及政府采购相关的品目分类，如果要保证数据的准确性及可行性，需要两个部门在实际工作中有较为频繁的互动，共同完成数据编报工作。然而，在实操过程中，由于两部门协同不足，导致政府采购预算编制、审核、上报等工作流程有效衔接不够，因此，管理体系还需要进一步改进。