在政府采购的复杂法律框架中，《政府采购质疑和投诉办法》第三十二条第一款第（四）项规定犹如一座灯塔，指引着各方在特定情境下的权利义务界定与纠纷解决路径。

当政府采购合同被认定为 “已经履行” 时，这一状态不仅关乎合同双方当事人当下的权益分配，更对整个政府采购流程的后续环节产生深远的连锁反应。例如，在合同履行过程中，如果出现质疑或投诉且最终判定中标或成交结果无效，此时由于合同已在履行，项目无法简单地被废标或顺延。对于已投入资源进行合同履行的各方而言，如何妥善处理已完成的工作、已交付的货物或服务以及相应的款项结算等问题，都需要依据该条款所界定的合同履行状态进行细致考量。这可能涉及到对已履行部分的质量评估、价值核算以及在新的中标或成交结果确定后的交接与过渡安排，以确保政府采购项目的公共资源使用效益最大化，同时保障各方的合法权益不受过度损害。

对于有权提起诉讼的主体，其诉求的合理性判断是该条款适用中的关键环节。以顺延后排名第二的供应商为例，其在中标或成交结果因违法行为被判定无效后，所提出的损失赔偿诉求应基于合理且可量化的依据。这些依据可能包括为参与项目所做的前期准备工作投入的人力、物力成本，因错失原本预期的中标或成交机会而丧失的预期利润，以及在等待结果过程中可能产生的资金占用成本等。而对于其他合格供应商被排除在诉讼主体范围之外的情况，也需要建立明确的判断基准，以防止可能出现的误判或争议。例如，通过对供应商过往参与项目的记录、其在本次项目中的竞争优势评估以及行业平均成本与利润水平等多方面因素的综合考量，来确定其是否确实不存在因中标或成交结果无效而应获得赔偿的合理诉求，从而维护法规适用的公正性与权威性。

责任人所承担的赔偿责任计算并非简单的单一因素决定，而是涉及多元要素的综合考量。从侵权责任的角度出发，首先要确定违法行为与受损方损失之间的直接因果关系。例如，如果是采购人代表的串标行为导致中标或成交结果无效，那么由此给顺延后排名第二的供应商造成的损失应精确计算。这包括该供应商因重新参与竞争而增加的成本，如再次准备投标文件的费用、市场价格波动导致的原材料成本增加等。同时，还需考虑到时间因素对损失的影响，如因项目延误导致的资金回笼延迟所产生的利息损失，以及在市场竞争环境变化下企业声誉受损可能带来的潜在业务损失等。此外，对于不同类型责任人，如采购人、采购代理机构、供应商和评审专家等，在赔偿责任分担上也应依据其在违法行为中的过错程度、参与深度以及其在政府采购体系中的角色定位等因素进行合理划分，以确保赔偿责任的公平分配与有效执行。

在实际应用该条款时，证据的收集与认定成为一大难题。对于合同履行状态的证明，需要各方提供详尽的合同执行记录、交付凭证、款项支付流水等资料。然而，在一些复杂的政府采购项目中，这些资料可能分散在不同部门或机构手中，收集难度较大。对于有权提起诉讼主体的资格认定以及其损失的证明，同样需要充分且具有说服力的证据支持。例如，供应商要证明自己因中标或成交结果无效而遭受的预期利润损失，往往需要提供市场调研报告、同类项目利润数据以及自身企业的财务预测模型等，但这些证据的真实性与可靠性可能面临质疑。而对于责任人违法行为的证据收集，可能涉及到对内部沟通记录、评标过程记录的调取与审查，这在涉及商业秘密或行政程序保密性要求时会受到诸多限制。解决这些证据收集与认定难题，需要建立健全的政府采购信息管理系统、规范的证据保全与调取程序以及专业的证据审查机制，以保障法规适用的准确性与公正性。

综上所述，《政府采购质疑和投诉办法》第三十二条第一款第（四）项规定在政府采购实践中具有多方面的重要意义与复杂内涵，深入理解并妥善应用该条款对于维护政府采购市场的公平竞争秩序、保障各方合法权益以及推动政府采购制度的完善与发展具有不可忽视的作用。